В 9-замещённых пуринах относительная реакционная способность различных положений изменяется в ряду 8 > 6 > 2, а в 9Н-пуринах эта последовательность несколько видоизменяется: 6 > 8 > 2; изменение реакционной способности положения 8 связано с образованием аниона в пятичленном цикле.
Наоборот, в кислой среде реакционная способность положения 8 к нуклеофильному замещению увеличивается: протонирование по пятичленному циклу облегчает процесс нуклеофильного присоединения [41]. Относительную реакционную способность положений 2 и 6 можно прекрасно проиллюстрировать на примере условий реакции, требуемых для замещения соответствующего хлорида гидразином относительно активным нуклеофилом [43]. В данном случае не наблюдается аналогии между относительной позиционной реакционной способностью галогенопуринов и галогенопиримидинов (4 > 2).
В 2,6-дихлорпурине реакционная способность положения 6 выше, чем в 6-хлорпурине, что обусловлено индуктивным эффектом второго атома галогена: так, дигалогенид реагирует с простыми аминами при комнатной температуре, тогда как для проведения такой реакции с моногалогенидом требуется нагревание, например, в изопропиловом спирте. Если в молекуле присутствует электронодонорный заместитель, например аминогруппа, это несколько дезактивирует атом галогена к замещению и, наоборот, кислородсодержащие пурины, по-видимому, благодаря их карбонильной таутомерной структуре легко вступают в реакции нуклеофильного замещения [44].
Образованием N-аниона при депротонировании пятичленного цикла можно объяснить тот факт, что при взаимодействии 8-хлорпурина с амидом натрия образуется аденин (6-аминопурин): невозможность атаки по положению 8 позволяет идти альтернативному присоединению по положению 6, что в конечном счёте и определяет строение основного продукта реакции [45].
Прямое превращение инозинов в 6-аминопроизводные без промежуточного образования галогенопуринов можно осуществить при нагревании со смесью пентаоксида фосфора и гидрохлорида амина [46].
Замещение атома йода можно проводить в более мягких условиях при катализе солями меди, хотя механизм участия в этом процессе соли металла не ясен [47].
В качестве других уходящих групп можно назвать сульфоксидную [48], трифлатную [49] и арил- или алкилтиогруппы [50]. Сульфоны проявляют высокую реакционную способность в некоторых реакциях нуклеофильного замещения, а также выступают в качестве активных промежуточных соединений в катализируемых сульфинатами реакциях замещения атома галогена [51].
Замещение атомов галогенов можно проводить в условиях катализа аминами, например триметиламином, пиридином [52], DABCO (1,4-диазабицикло[2.2.2]октан) [53]. Механизм катализа включает образование интермедиата — четвертичной аммониевой соли, которая обладает большей реакционной способностью в отношении нуклеофилов, чем исходный галогенид. Этот интермедиат, если нужно, может быть выделен. Триметиламин даёт наиболее реакционноспособные четвертичные соли, но использование DABCO более удобно. Относительная реакционная способность к нуклеофильному замещению по положению 6 при использовании различных аминов составляет триметиламин : DABCO : хлорин = 100:10:1 [54]. Таким образом можно получить, например, циано- [55] и фторзамещённые [56] производные.
Для малоактивных нуклеофилов — ариламинов — можно использовать фтор в качестве уходящей группы [57] или замещение атома брома в присутствии соединений палладия [58].
Аминогруппы превращаются в хорошо уходящие группы модификацией их в 1,3,4-триазол. Изомерные триазолы образуются при взаимодействии инозина с 1,2,4-триазолом в присутствии фосфорилхлорида и триэтиламина и также служат хорошими уходящими группами [59].
Нуклеофильное ацилирование можно осуществить при использовании ароматических альдегидов и азолиевой соли в качестве катализатора [60] (см. разд. 21.11.).