Бензофуран проявляет гораздо наименьшую склонность к замещению по положению 3: по некоторым данным, при формилировании образуется только 2-формилпроизводное [8], а нитрование азотной кислотой приводит к 2-нитро-бензофурану [9]. Однако все исследования, где было описано выделение основного продукта реакции, проводились главным образом до появления современных аналитических методов, а прежние методики не позволяли определять присутствие других минорных изомеров. В более поздних исследованиях при нитровании N2O4 в качестве основного продукта реакции был выделен 3-нитро-бензофуран с небольшой примесью 2-изомера [10].
Бензофуран реагирует с галогенами, давая продукты 2,3-присоединения [11], при этом первоначальная электрофильная атака идёт по положению 2, а дальнейшее элиминирование галогеноводорода в основной среде приводит к образованию 3-моно-галогенобензофуранов с высокими выходами [12]. Реакции замещения по Фриделю-Крафтсу затруднены для незамещённых в гетероциклическом кольце бензофуранов, так как обычные катализаторы вызывают осмоление, однако существуют примеры получения 3-ацилбензофуранов при использовании в качестве катализатора FeCl3 [13].
Если в молекуле бензотиофена уже имеется заместитель, то дальнейшее замещение происходит ещё сложнее, что можно продемонстрировать на ряде примеров. С одной стороны, при нитровании 2-бромбензотиофена происходит ипсо-замещение с образованием 2-нитробензотиофена, тогда как 2-хлорбензо-тиофен даёт 3-нитропроизводное [14], а при нитровании 3-бромбензотиофена с умеренным выходом образуется 2-нитробензотиофен [15]. С другой стороны, 3-карбокси- или 3-ацилбензотиофены нитруются в бензольное кольцо [16].
Бромирование [17] и реакции замещения по Фриделю-Крафтсу [18] 3- и 2-метилбензотиофенов идут по свободному положению гетероцикла; аналогично 2-бромбензотиофен даёт при формулировании 3-формилпроизводное [19]. В условиях реакции Вильсмейера при умеренных температурах 3-метоксибензо-тиофен превращается в соответствующий 2-альдегид, тогда как при 95 °C образуется 3-хлорбензотиофен-2-карбоксальдегид [20]; 6-этоксибензотиофен формулируется по положению 2 [21].